به هر حال، فلسفة اسلامي از قرنهاي 2 و 3ق/ 8 و 9م با ترجمه و تفكر بر روي آثار فلسفي يوناني از ديدگاه اسلامي به وجود آمد و در قرن 3 ق به صورت نظام يافته آشكار شد. نخستين فيلسوف اسلامي را ابويعقوب گندي مي‌دانند كه عرب نژاد و از قبيله كنده و ساكن بغداد بود، ولي شايد ام‌الكتاب كه از امهات آثار فلسفة اسماعيلي است ادعا شده كه نتيجة سلسله بحثهايي با امام محمد باقر(ع) است، قبل از او نوشته شده باشد. همچنين همزمان با كندي از فيلسوفي ايراني اهل خراسان به نام ابوالعباس ايرانشهري ياد شده است كه بيروني و ناصرخسرو از او نقل قول كرده‌اند.

از آغاز قرن 4ق/ 10م دو مكتب بزرگ فلسفي مشايي و اسماعيلي در ايران رشد مي‌كند و تاريخ فلسفة اسلامي در اين سرزمين رسما آغاز مي‌شود. براي بهتر روشن ساختن بيش از 1000 سال تاريخ فلسفة ايران مي‌توان اين قرون را به 5 دوره تقسيم كرد: 1. از آغاز تا قرن 6ق/10م و عصر شاگردان ابن سينا كه دوران طلايي فلسفة مشايي و اسمعيلي است. 2. قرنهاي 5 و6ق دوران استيلاي كلام بر فلسفه. 3. از قرن 7 تا 10ق/13 تا 16م دوران احياي فلسفة مشايي و رونق حكمت اشراق و تقريب مكتبهاي مختلف فلسفي. 4. از قرن 10ق تا پايان دورة قاجار كه با مكتب اصفهان شروع و به مكتب تهران ختم مي‌شود. 5. از پايان دورة قاجار تاكنون كه دوران هجوم فلسفه‌هاي غربي به ايران و در عين حال احياي فلسفة اسلامي و رويارويي با مكاتب فلسفي غرب است.

1.در دوران اول مركز فلسفة مشايي از بغداد به خراسان انتقال يافت. اگرچه نخستين فيلسوف بزرگ اين خطه ابونصر فارابي از خراسان به بغداد رفت و سپس در دمشق سكني گزيد و سرانجام در آنجا درگذشت. فلسفة مشايي كه خود تلفيقي است از افكار توحيدي اسلام و فلسفة ارسطويي و نوافلاطوني، به دست فارابي بيش از كندي نضج يافت، گرچه هنوز مصطلحات فلسفي كه بعدا متداول شد، كاملاً جا نيفتاده بود. فارابي (ح257- 339ق/ 871-950م) رسائل متعددي در منطق صوري نگاشت و پايه منطق را در فلسفة اسلامي هم او نهاد و نيز به تلفيق فلسفة افلاطون و ارسطو دست زد ويكي از مهم‌ترين آثارش، يعني الجمع بين رأبي الحكيمين افلاطون الالهي و ارسطو را در اين زمينه نگاشت. همچنين از مهم‌ترين آثار او كتاب الحروف است كه با رابطة فلسفه و زبان سر و كار دارد و سرانجام، جزو آثار اصلي او بايد آراء اهل المدينه الفاضله را نام برد كه متن اساسي فلسفه سياسي اسلامي است. البته رسائل كوتاه ، ولي بسيار بانفوذ او درباره عقل و تقسيم بندي علوم را نيز بايد به خاطر داشت. با توجه به اين آثار و به ويژه تعيين حدود و ثغور شعب مختلف علوم است كه مسلمانان به او لقب معلم ثاني داده‌اند، چنانكه ارسطو را معلم اول خوانده‌اند.

پس از فارابي تا مدتي در نيمه دووم قرن 4 ق رقابتي بين حوزه‌هاي فلسفي بغداد و خراسان وجود داشت كه در هر دو عوامل ايراني اهميت اساسي داشتند. رياست حوزه بغداد با ابوسليمان سجستاني منطقي (د ح 391ق/1001م) بود كه به منطق علاقه فراوان داشت و نيز كتابي دربارة تاريخ فلاسفه نگاشت. مهم‌ترين فيلسوف خراسان در دوران بين فارابي و ابن سينا، ابوالحسن عامري (د381ق/992م) بود كه به سبب حمله شيخ الرئيس به او تا حد زيادي تحت الشعاع قرار گرفت. گرچه ملاصدرا به افكارش توجه داشت و اخيرا آثار مهم فلسفي او همچون الاعلام بمناقب الاسلام و الامد علي الابد مورد توجه فراوان قرار گرفته است.

بدون شك، مهم‌ترين فيلسوف اين دوران و با نفوذترين تمامي دانشمندان اسلامي در زمينه فلسفه و علوم ابن سينا (370-428ق/980-1037م) است كه در پايان قرن 4 و آغاز قرن 5 ق فلسفة مشايي را به كمال رسانيد و كتبي به وجود آورد كه در تمان اعصار بعدي زنده بوده است. به عكس فارابي او هيچ‌گاه به بغداد سفر نكرد و تمامي عمرش را پس از مهاجرت از زادگاهش بلخ در شهرهاي مختلف ايران و به خصوص ري و اصفهان و همدان گذرانيد و در همدان وفات يافت. اين متفكر در طول زندگاني متلاطم خود بيش از 220 اثر بر جاي گذاشت كه نيمي در علوم و به ويژه پزشكي است و نيم ديگر در فلسفه و علوم وابسته به آن، علاوه بر ايجاد يك فلسفة عميق پزشكي كه در كتاب اول قانون او نمايان است، ابن سينا در يك سلسله كتب عربي فلسفة مشايي را به صورتي پرداخت شده بيان كرد. مهم‌ترين اين كتابها شفا است كه بزرگترين دائره المعارف علمي در طول تاريخ است كه به دست يك تن نگاشته شده است و علاوه بر فلسفه به علوم طبيعي و رياضي نيز مي‌پردازد. اما مهم‌ترين قسمت آن از لحاظ فلسفي الهيات و بخش اول طبيعيات آن است. و بخش منطق آن نيز گسترده‌ترين بحث در زمينه منطق را در فلسفة اسلامي در بردارد. شيخ الرئيس مطالب شفا را در كتاب النجاه خلاصه كرد و نيز براي نخستين بار در دانشنامه علايي يك دوره فلسفه مشايي را به زبان فارسي درآورده و اين كوشش سهم بسزايي در پرداختن زبان فارسي به عنوان دومين زبان مهم فلسفي اسلامي داشت. ابن سينا علاوه بر نگاشتن رسائل كوچك متعددي درباره موضوعات گوناگون فلسفه، در پايان عمر به «حكمت مشرقيه» پرداخت و در الاشارات و التنبيهات كه آخرين اثر فلسفي اوست، به بحثهاي عرفاني تمايل نشان داد. وي چند رساله تمثيلي نيز مانند حي بن يقظان و رساله الطير و سلامان و ابسال نگاشت. اين آثار پايه و نمونه اولية حكايات تمثيلي فلسفي است كه بعدا به دست شيخ اشراق به كمال رسيد.

شيخ الرئيس اختلاف بين وجود و ماهيت را روشن ساخت و امتياز بين وجوب و امكان را كه اساس فلسفة اسلامي است، مركز ديدگاه فلسفي خود قرار داد و در واقع پايه فلسفة وجود و وجودشناسي را ريخت. چنانكه حتي در غرب برخي از مورخان او را نخستين «فيلسوف وجود» دانسته‌اند. نمي‌توان به هيچ وجه ابن سينا را- اگرچه در فلسفة ارسطويي چيرگي خاصي داشت- صرفاً پيرو ارسطو دانست، بلكه او افكار مختلف اين فيلسوف را با فلسفة نوافلاطوني درباره فيضان مراتب وجود از مبدأ و با مسأله توحيد اسلامي و وحي درآميخت و وحدتي جديد به وجود آورد. همچنين او نخستين فيلسوفي بود كه بر سور قرآني تفسير نگاشت. شاگردانش مانند جرجاني و ابن زيله و مخصوصا بهمنيار صاحب كتاب التحصيل و سپس لوكري افكارش را تا نيمه قرن 5ق/ 11م دنبال كردند. ولي به علت قدرت روزافزون كلام اشعري و مخالفت آن با فلسفه براي يك دو قرن فلسفة مشايي به صورت اعم و افكار ابن سينا بالاخص تا حدي در حاشيه قرار گرفت، ولي در همان دوران در اندلس قويا دنبال شد و در خود ايران نيز بعدا به دست تواناي خواجه نصيرالدين طوسي بار ديگر حيات يافت وپيروان بسياري به دست آورد. نفوذ بوعلي آن چنان زياد است كه حتي مكاتب كلامي و يا اشراقي و عرفاني از افكارش ديده مي‌شود.

همزمان با پيدايش و قوام فلسفه مشايي مكتب اسماعيلي نيز در ايران نشو نما كرد. در دوران فاطمي تقريبا تمام فلاسفه بزرگ اسماعيلي ايراني بودند و اين موضع تا سقوط نهضت الموت ادامه يافت. از قرنهاي 3 و 4ق به بعد فلاسفه اسماعيلي به تبيين و ترويج فلسفه اسماعيلي پرداختند. ابوحاتم رازي(د322ق/ 934م) آثار مهمي مانند اعلام النبوه از خود بر جاي گذاشت و به مبارزه با محمد بن زكرياي رازي پرداخت. ابويعقوب سجستاني (قرن 3ق/10م) با كتاب كشف‌المحجوب خود يكي از آثار مهم اين مكتب را به وجود آورد و حميدالدين كرماني(د ح408ق/1017م) با نگاشتن راحه العقل نظم جديدي به فلسفة اسماعيلي داد. همچنين در قرن 4 ق، 51 رساله به نام رسائل اخوان الصفا نشر يافت كه يكي از با نفوذترين مجموعه‌هاي فلسفة اسلامي است و علاوه بر محافل اسماعيلي ، بين شيعه اثنا عشري و تسنن نيز اثري شايان به جاي گذاشت. مهم‌ترين فيلسوف مكتب اسماعيلي ناصر خسرو(394-481ق/1004-1088م) است كه برجسته‌ترين اثر فلسفي او جامع الحكمتين كوششي است در جهت تلفيق حكمت ايماني مبتني بر وحي با حكمت يوناني. آخرين فيلسوف بزرگ وابسته به اين مكتب نصيرالدين طوسي است كه در قرن 7ق/ 13م به خدمت حكمرانان الموت درآمد و گرچه شيعه اثناعشري بود، آثاري مانند كتاب تصورات در فلسفة اسماعيلي نگاشت.

فلاسفه اسماعيلي فلسفة را مرتبط با ساخت دروني دين مي‌دانستند و نظامهايي به وجود آوردند كه در آن مساله تأويل و رابطه بين مراتب وجود و سلسله عقول- كه فارابي و ابن سينا نيز آن را يكي از مباني فلسفة خود ساخته بودند- و انسان شناسي خاص اسماعيلي در ديدگاه فلسفي متشكل و منسجمي گنجانيده شده بود. فلاسفه اين مكتب همچنين به نگاشتن فلسفه به زبان فارسي توجهي خاص داشتند و به ترويج فلسفه در ميان فارسي زبانان كمك كردند، چنانكه ناصر خسرو تمامي آثار مهم فلسفي خود را به زبان فارسي نوشت.

در نخستين دوره از تاريخ فلسفه اسلامي در ايران ، گرچه اكثر حكما متعلق به مكتب مشخصي بودند، برخي نيز به هيچ مكتب خاصي وابسته نبودند. از اين گروه مي‌توان محمد بن زكرياي رازي و ابوعلي مسكويه و ابوريحان بيروني را نام برد. رازي(د313ق/925م) كه از برجسته‌ترين پزشكان تاريخ طب است، در عين حال فيلسوفي منفرد بود كه خود را همتاي ارسطو و افلاطون مي‌دانست. گرچه اكثر آثار فلسفي او به علت ادعاي او به عدم ضرورت وحي براي رسيدن به حقيقت مورد حمله شديد متفكران ديگر و به ويژه اسماعيليه قرار گرفت، چند اثر فلسفي از او باقي مانده است كه مهم‌ترين آنها السيره الفلسفيه و الطب الروحاني است. ابوعلي مسكويه (د421ق/1030م) هم مورخ بود و هم فيلسوف، هرچند ابن سينا كه معاشرش بود، او را در فلسفه ضعيف مي‌دانست. علاوه بر آثار تاريخي و حتي كيميايي، ابوعلي مسكويه به فلسفه عملي توجهي خاص داشت و اهميتش بيش از همه در تأليف كتاب تهذيب الاخلاق است كه از مهم‌ترين كتب اخلاق فلسفي به شمار مي‌آيد و در آثار اخلاقي بعدي مانند اخلاق ناصري خواجه نصير نفوذي شايان بر جاي گذاشته است. بيروني نيز مانند رازي دانشمندي كم نظير بود، ولي به فلسفه نيز مي‌پرداخت و با ابن سينا بحثهايي پيرامون مسائل فلسفي و مخصوصا فلسفه طبييعات داشت و در كتاب تحقيق ماللهند نيز در برخي از فصول به تحليل افكار فلسفي پرداخت.

2. در قرون 5 و 6ق/ 11و 12م بر اثر استيلاي حكمرانان ترك بر ايران و مخصوصا سلاجقه و دفاع رسمي آنان از كلام اشعري، فلسفه تا حد زيادي به حاشيه رانده شد. تا آنجا كه بسياري از شعرا و صوفيان آن دوره به ضديت با فلاسفه برخاستند. نخستين شخصيت مؤثر در اين جريان ابوحامد محمد غزالي (450-505ق/1058-1111م) بود، گرچه خود او را به معناي وسيع‌تر كلمه مي‌توان فيلسوف به شمار آورد. او در المنقذ من الضلال كه شرح حال زندگي اوست. از فلسفه مشايي سخت خرده گرفت و در مقاصد الفلاسفه آراء ابن سينا را خلاصه كرد ودر تهافت الفلاسفه به نقد آنها پرداخت. اگرچه غزالي در برخي از آثارش اشعري است، نمي‌توان او را كاملا اشعري دانست. اولا او به علم منطق توجهي خاص داشت و كوشش كرد تا در آثارش اصطلاحات منطق صوري را با واژه‌ها و لسان قرآني بيان كند. ثانيا غزالي عارف بود و علاوه بر نگاشتن آثاري درباره علم اخلاق صوفيانه مانند احياء علوم الدين- كه مهم‌ترين كتاب اخلاق در تمدن اسلامي، و خلاصه آن به فارسي به نام كيمياي سعادت از شاهكارهاي نثر فارسي است- آثاري چند درباره معرفت و علم الهي نگاشت، مانند مشكوه الانوارو الحكمه اللدينه كه از لحاظ فلسفي از اهميت فراوان برخوردار است. يكي ديگر از متكلمان آن دوره شهرستاني (د547ق/1152م) در مصارعه الفلاسفه به حمله به فلاسفه پرداخت. كتابي كه بعدا خواجه نصير به آن پاسخ داد، چنانكه فيلسوف اندلسي ابن رشد در تهافت التهافت اثر غزالي را نقد كرد و به اعتراضات او پاسخ گفت. ليكن از لحاظ فلسفي مهم‌ترين متكلم اين دوران فخرالدين رازي(543-606ق/1148-1209م) عالم و مفسر قرآن و متكلم معروف اشعري بود. وي به تحليل دقيق اشارات ابن سينا پرداخت و با وجود خرده گيري از اين اثر، معاني پيچيدة آن را روشن ساخت و همين اثر بود كه اساس كار خواجه نصير در احياي فلسفة مشايي قرار گرفت و شرح اشارات خواجه كه از اهم كتب فلسفة اسلامي است، متن ابن سينا و نقد فخرالدين رازي را نيز در بردارد و خواجه نكته به نكته به اعتراضات وي پاسخ گفته است.

با وجود خسوف فلسفة در قرون 5 و6 ق چند شخصيت مهم فلسفي در اين عصر ظهور كردند كه در خور اهميت فراوانند. يكي از آنها عمر خيام است (د ح520/1126م) كه به علت شهرت رباعيات منسوب به وي امروزه كمتر به عنوان يك فيلسوف مشايي شناخته مي‌شود، در حالي كه او شايد برجسته‌ترين فيلسوف مكتب ابن سينا در اين دوران باشد و در عصر خود به چيرگي بر فلسفه اشتهار داشت و چند رساله كوتاه، ولي پر ارج در فلسفه از خود باقي گذاشت.

البته مهم‌ترين فيلسوف اين دوره و يكي از برجسته‌ترين فلاسفه تاريخ ايران شيخ اشراق شهاب الدين سهروردي (549-587ق/1154-1191م) است كه يا وجود عمري كوتاه كه با قبل او در حلب به پايان رسيد، مكتب جديدي را در تفكر اسلامي به نام حكمت اشراق بنا كرد كه نفوذ فراواني در ايران و هند و تا حدي عثماني داشته است. او در آثار مهمي مانند المقاومات و المشارع و المطارحات به نقد فلسفه مشايي پرداخت و سپس در شاهكارش حكمه الاشراق اساس حكمت اشراق را بيان داشت و نيز شماري رساله فلسقي به فارسي نگاشت كه از برجسته‌ترين متون فلسفه زبان فرسي است و بيشتر با حكايات تمثيلي سرو كار دارد. شيخ اشراق خود را وارث هم فلسفة يوناني و هم فلسفة حكماي فرس مي‌دانست و معتقد بود كه حكيم واقعي بايد هم حكمت بحثي را دارا باشد و هم حكمت ذوقي را كه از راه تزكيه نفس و اشراق امكان پذير است. در واقع او فلسفه پيشين را با تصوف آميخت و مكتب عظيم اشراق را بنا كرد كه توسط دو شرح اساسي شمس‌الدين شهرروري و قطب‌الدين شيرازي بر حكمه الاشراق دو نسل بعد از او در جهان اسلام و به ويژه ايران گسترش يافت و اكثر فلاسفه قرون بعدي را در ايران و هند اسلامي تحت نفوذ خود قرار داد.

2. دوران نسبتا طويل 3 قرن و نيمي كه خواجه نصير را به ميرداماد متصل مي‌سازد. عصري درخشان براي فلسفة اسلامي است، ولي متأسفانه كمتر از اعصار ديگر مورد مطالعه قرار گرفته، و بسياري از متون مهم اين دوران كه هنوز به صورت نسخ خطي در كتابخانه‌ها محفوظ است در دسترس دانشمندان نيست. اين دوره با ظهور يكي از بزرگترين فلاسفه و رياضي دانان اسلامي ايران يعني خواجه نصيرالدين طوسي (597-672ق/1201-1273م) آغاز شد. در زندگي پرتلاطمي كه مقارن با حمله مغولان به ايران بود، خواجه علاوه بر آثار كلامي و فلسفي اسماعيلي، كتب بسيار مهمي نيز در فلسفه و كلام اثنا عشري نگاشت و افزون بر نوشتن شرحي بر اشارات ابن سينا ، با كتاب تجويد الاعتقاد پايه كلام فلسفي شيعه اثناعشري را نهاد. اخلاق ناصري او شاهكاري در اخلاق فلسفي است و مانند بسياري ديگر از آثارش- از جمله اساس الاقتباس در منطق كه از لحاظ لغوي اهميتي خاص دارد- به زبان فارسي است. وي گرچه با فلسفه اشراقي آشنا بود، به ابن سينا تمايل بيشتري داشت. با فعاليتهاي او فلسفه مشايي احيا شد و در قرن بعد از او چندين فيلسوف مشايي مشرب از مكتب خواجه و تعاليم او برخاستند. همچون كاتبي قزويني(د ح675ق/1276م) صاحب حكمه العين و اثيرالدين ابهري (د ح663ق/1265م) صاحب الهدايه- كه با شرح ميبدي ملا صدرا شهرت فراوان يافت و قرنها كتاب درسي مكتب شمايي بود- و قطب‌الدين رازي (692-766ق/1293-1365م) صاحب المحاكمات در داوري ميان شروح مختلف اشارات. مهم‌ترين همكار خواجه كه در كار رصدخان مراغه نيز دست داشت، قطب‌الدين شيرازي (633-710ق/1237-1310م) است كه از برجسته‌ترين دانشمندان اسلامي و در عين حال فيلسوف و پزشك و فقيه بود. دره التاج او دائره المعارفي است در فلسفه مشايي به فارسي همانند شفا، ولي با رنگ اشراقي و نيز شرح او بر حكمه الاشراق از اهم متون اين مكتب است.

يكي ديگر از فلاسفه معاصر خواجه كه به گفته برخي از تذكره نويسان با او قرابتي نيز داشته است، افضل‌الدين كاشاني (د ح633ق/1246م) معروف به بابا افضل است. او يكي از خلاق‌ترين فلاسفه اسلامي است كه آثارش را به فارسي نگاشت و با اينكه پيرو فلاسفه قبلي بود، مطالب تازه‌اي نيز به خصوص در زمينه شناخت ارائه كرد.مي‌توان گفت كه او فيلسوف خودشناسي است و همه افكار او بر اين اصل استوار است. آثار فارسي بابا افضل از شاهكارهاي نثر فلسفي فارسي است و از او شماري رباعي نيز باقي مانده است. او در وجودش تصوف و فلسفه را با هم درآميخت. اگرچه در آثارش كمتر از تصوف سخن مي‌گويد.

در دوران مورد بحث مركز فلسفه در ايران بيشتر در شيراز بود و مي‌توان از مكتب شيراز كه با قطب‌الدين آغاز مي‌شود و و بعد از شمس‌الدين خفري (د ح960ق/1553م) افول مي‌كند و در پايان حيات فعال خود از لحاظ زماني با مكتب اصفهان تداخل مي‌يابد، سخن گفت. اولا در اين دوران شيراز در حالي كه سنيان در آن حكومت مي‌كردند، مركز كلام فلسفي اشعري نيز بود و شخصيتهاي مهمي مانند عضدالدين ايجي(د756ق/1355م) صاحب كتاب المواقف و سعدالدين تفتازاني (د792ق/1390م) صاحب شرح شمسيه و مير سيد شريف جرجاني (د816ق/1313م) صاحب شرح المواقف از اين مكتب ظهور كردند و هنوز درمحافل علمي اهل تسنن آثار اين متكلمان فيلسوف سخت مورد توجه است. همچنين در ميان اين متفكران بايد از جلالدين دواني(830-908ق/1427-1502م) نام برد كه آثار متعددي در كلام و فلسفه نگاشت و در عين حال به فلسفه اشراق علاقمند بود و بر هياكل النور سهروردي شرحي نوشت كه قرنها در هند تدريس مي‌شد.

در فلسفه محض، مهم‌ترين شخصيت مكتب شيراز بعد از قطب‌الدين شيرازي، مير صدرالدين محمد دشتكي (828-903ق/1325-1398م) است كه او را «سيد سند» و «سيد الدققين» نيز خوانده‌اند. اين حيكم پرمايه نه تنها در علوم گوناگون و فلسفه مهارت داشت، بلكه از فلاسفه طراز اول مشايي به شمار مي‌آيد. ضمن آنكه با عرفان نيز آشنا بود.درباره وجود ذهني و معماي جذر اصم كه بسياري از فلاسفه شيراز به آن توجه داشتند و نيز در جواهر شناسي و فلاحت رساله‌هايي نوشت. ولي مهم‌ترين آثارش شرح‌الكبير علي شرح الجديد التجريد است كه در آن درباره مسائل مهمي از قبيل وجود ذهني و اصالت وجود كه بعدا ملاصدرا به آن استناد كرده، پرداخته است. همچنين او با دواني مناظرات فراواني داشته كه در اسفار ملاصدرا به آن اشاره شده است.مير صدرالدين همچنين مدرسه مهم منصوريه را كه هنوز در شيراز داير است ، تاسيس كرد و اين مدرسه تا بيش از 100 بعد از او مركز اصلي فعاليتهاي فلسفي در شيراز بود.

پسر ميرصدرالدين، مير غياث‌الدين منصور دشتكي(866-948ق/ 1362-1531م) بزرگترين فيلسوف اين دوران بود و مانند خواجه نصير جامعيت شگفت آوري در علوم داشت. ملاصدرا كه كمتر از حكماي سلف خود تعريف و تمجيد مي‌كند، او را «المؤيد من علم الملكوت» مي‌خواند. غياث‌الدين منصور با مكتبهاي مشاء و اشراق و عرفان آشنا بود، ولي آنها را از يكديگر جدا نگاه مي‌داشت. مهم‌ترين آثارش شرح بر تجريد و شرح بر هياكل الانور است. گفتني است كه افراد ديگري از اين خاندان در زمرة فلاسفه بنام بودند و نيز پس از حاكميت مذهب شيعه در ايران رسما از معارف شيعه دفاع مي‌كردند. برخي از آنان به هند رفتند. مانند نظام‌الدين احمد كه در دكن فلسفه ابن سينا و تشيع را اشاعه داد و نيز پسر او سيد علي خان كبير. همچنين فيلسوف و دانشمند معروف ميرزا فتح‌الله شيرازي(د977ق/1569م) كه به هند رفت و در اشاعه فلسفه اسلامي در آن ديار سهم بسزايي داشت. وابسته به مذهب دشتكيها بود و نيز شاگردانش محمد بن محمود دهدار شيرازي(947-1016ق/ 1540-1607م) كه حكمت و عرفان شيعي را تلفيق كرد و رسائل متعددي به فارسي به جاي نهاد. دربارة ارتباط ميان شيراز و هند اسلامي در زمينه فلسفه بايد به شاه طاهر(د952ق/1545م) شاگرد خفري نيز اشاره كرد كه در دكن به تدريس فلسفه و تدريج تشيع پرداخت و آثاري فلسفي برجا گذاشت.

آخرين فيلسوف مهم مكتب شيراز ملا شمس‌الدين محمد خفري است كه مدتي از عمر خود را در كاشان گذرانيد. او كه يكي از ناشناخته‌ترين دانشمندان طراز اول تاريخ اسلام است، گام بزرگي به سوي مكتب ملاصدرا برداشت و برهان و عرفان و قران را تا حدي با هم درآميخت. وي در مسأله علم خداوند، از مشاييان فاصله گرفت و ديدگاهش با آنچه ملاصدرا در اسفار آورده است، نزديك بود و ملاصدرا ارزش فراواني براي او قائل مي‌شد. از آثار او مي‌توان المحاكمات بين الطبقات كه داوري بر شروح مختلف بر تجريد است و حاشيه بر شرح جديد قوشجي بر تجريد و كتاب اسفار الاربعه و چند شرح فلسفي بر قران كريم را نام برد. كتاب نجومي او التكمله في شرح التذكره يكي از مهمترين كتب تاريخ نجوم در جهان است كه تا اين اواخر كمتر به اهميت علمي آن توجه شده بود.

در اين دوران البته خارج از حوزه شيراز شخصيت‌هاي مهم ديگر فلسفي نيز ظهور كردند. مانند سيد حيدر آملي(دپس از 782ق/1380م) صاحب جامع‌الاسرار و شرحي بر فصوص كه افكار عرفاني را وارد جهان تفكر ديني شيعه اثناعشري كرد و صائن الدين تركة اصفهاني (د836ق/1433م) صاحب تمهيدالقواعد كه از اهم كتب درسي عرفاني است و نيز بسياري رساله فلسفي و عرفاني كه تمايل او را به 3 مكتب مشا، اشراق و عرفان نشان مي‌دهد. روي هم رفته، نه تنها صائن‌الدين ، بلكه بسياري ديگر از فلاسفه اين دوره سوم سعي كردند كه مكتبهاي فلسفي مشايي و اشراقي و عرفان و كام اهل تسننن و تشيع را به هم نزديك كنند و نتيجه همين كوششها بود كه زمينه ظهور مكتب اصفهان و به ويژه فلسفه ملاصدرا را كه تلفيقي از مكتبهاي پيشين انديشه اسلامي است ، فراهم ساخت.

5. با تأسيس حكومت صفويه و گسترش تشيع كه بيش از كلام اهل تسنن با علوم عقلي هماهنگي دارد. زمينه براي گسترش فلسفه در ايران فراهم شد و با ظهور ميرداماد (د1041ق/1631م) مكتب جديدي در فلسفه گشوده شد كه مركزش اصفهان بود و از اين رو، به مكتب اصفهان شهرت يافت. ميرداماد هم پيرو بوعلي بود و هم توجهي به آثار سهروردي داشت و حتي تخلص شعري خود را «اشراق» نهاده بود.

مير داماد افكار بديعي در مساله زمان و رابطه بين حادث و قديم داشت كه به حدوث دهري معروف است و در مهم‌ترين اثر فلسفي‌اش القسبات مطرح شده است. وي علاوه بر تأليف كتب متعدد به عربي و فارسي شاگردان متعددي نيز تربيت كرد، از جمله ملا شمسا گيلاني(د ح 1064ق/1654م) صاحب كتاب مسالك‌اليقين و سيد احمد علوي (د ح1060ق/ 1650م) صاحب حواشي بر كتاب شفا و قطب‌الدين اشكوري(د پس از 1075ق/1664م) صاحب بزرگ كتاب تاريخ انديشه فلسفي محبوب‌القلوب؛ ولي البته مهم‌ترين شاگرد او ملاصدرا بود كه به زودي شهرتش از استاد بزرگ و معروف خود كه مؤسس مكتب اصفهان بود، فراتر رفت.

معاصر ميرداماد ابوالقاسم ميرفندرسكي (د1050ق/1640م) در اصفهان بيشتر به آثار بوعلي مي‌پرداخت و به عنوان فيلسوفي مشايي معروف بود، ولي او به هند نيز سفر كردو بر جوك بشست حاشيه نگاشت. وانگهي، در قصيده معروفش از مثل افلاطوني كه ابن سينا آن را رد كرده بود، دفاع كرد. وي در علوم غريبه نيز دست داشت، رساله‌اي نيز در كيميا از او باقي مانده است. معروف‌ترين شاگردانش ملا رجبعلي تبريزي (د1080ق/1669م) صاحب رساله اثبات واجب و آقا حسين خوانساري (د1098ق/1687م) صاحب تعليقات بر شفا و اشارات از فيلسوفان معروف مشايي مسلك بودند.

بزرگترين شخصيت مكتب اصفهان و شايد برجسته‌ترين حكيم ايران در زمينه حكمت الهي صدرالدين محمد بن ابراهيم شيرازي (979-1050ق/1571-1640م) . معروف به ملاصدرا است كه شاگرد ميرداماد، و هم شاگرد شيخ بهاالدين عاملي فقيه، صوفي، شاعر و رياضي دان معروف آن زمان بود. ملاصدرا تلفيقي از مشارب فكري قبل از خود به وجود آورد و قران و برهان و عرفان را در وحدتي نوين با هم آميخت و مكتب جديدي به نام حكمت متعاليه تاسيس كرد كه تا امروز مهم‌ترين مكتب فلسفة اسلامي در ايران است. شاهكار او السفار الاربعه عالي‌ترين كتاب حكمت نظري است كه بر آن شروح و تعليقات متعدد نوشته شده است. در كتاب ملاصدرا افكار شيخ الرئيس و اتباعش و شيخ اشراق و ابن عربي و نيز متكلمان شيعه و سني و مخصوصا غزالي و فخرالدين رازي و خواجه نصير ديده مي‌شود و ضمنا نهايت استفاده از منابع ولوي كه در كتبي مانند اصول كافي كه ملاصدرا بر آن شرح مهمي نوشت، درج شده است. ملاصدرا تفاسير مهمي بر قران كريم نيز نگاشت و در مفاتيح الغيب و اسرارالايات به روش تفسير و بيان تأويل و شرح معاني دروني كتاب آسماني مسلمانان پرداخت. ولي تمامي اين نفوذها در وحدتي قوي جذب شده، و عواملي است كه در پيدايش مكتب حكمت متعاليه بسيار مؤثر بوده است. بدون اينكه بتوان اين مكتب را فقط حاصل جمعي از آنها دانست.

ملاصدرا بخش آخر حيات خودرا در زادگاهش شيراز گذرانيد و در آنجا به تدريس فلسفه در مدرسه خان كه براي او ساخته شده بود، پرداخت. مهم‌ترين شاگردانش يكي ملا محسن فيض كاشاني(د1091ق/1680م) محدث، شاعر، متكلم، عارف و فيلسوف معروف بود كه اثر مهم اخلاق فلسفي شيعي را به نام المحجه البيضاء في احياء الاحياء نوشت و رساله اصول المعارف را در مشرب استادش تنظيم كرد. و ديگر ملاعبدالرزاق لاهيجي (د1072ق/1662م) صاحب گوهر مراد و مشارق الالهام كه در كلام فلسفي است. او نيز مانند فيض شاعري برجسته بود، ولي به علت ضديتي كه با تعاليم ملاصدرا پيش آمده بود، درباره حكمت متعاليه سخن علني نمي‌گفت و اثري در اين زمينه از خود برجاي نگذاشت. شاگرد او دو تن قاضي سعيد قمي (د1103يا 1104ق/1692يا1693م) صاحب اسرارالعبادات و تعليقات بر ائولوجيا نيز بيشتر به تصوف علاقمند بود و در فلسفه بيشتر از ملا رجبعلي تبريزي و فلسفه مشايي متابعت مي‌كرد. واز حكمت متعاليه سخن نمي‌گفت. در واقع براي يكي دو قرن فلسفه ملاصدرا در ايران تا حدي حاشيه قرار گرفته بود.

احياي فلسفه ملاصدرا و تأسيس يك حوزه جديد فلسفي در ايران به دست ملا علي نوري(د1246ق/1830م) در اصفهان صورت گرفت. او قريب 70 سال كتب ملاصدرا را تدريس مي‌كرد و علاوه بر اينكه تعليفات مهمي بر اسفار نگاشت، چند نسل شاگرد در اين مكتب تربيت كرد. ملا محمد اسماعيل اصفهاني (د1281ق/1864م) صاحب حواشي بر شوارق و عارف بزرگ سيد رضي لاريجاني (د1270ق/1854م) كه نوشته‌اي از او در دست نيست و ملاعبدالله زنوري (د1264ق/1848م) صاحب انوار جليه و لمعات الهيه همگي از شاگردان او بودند. نيز حاجي ملاهادي سبزواري (1212-1289ق/1797-1872م) عارف و فيلسوف نامدار قرن 13 ق كه آثارش همچون اسرار الحكم و شرح منظومه هنوز در حوزه‌هاي درس فلسفه رواج دارد و از اهم كتب درسي است. از طريق ملا محمد اسماعيل اصفهاني به حلقه پرثمر ملاعلي نوري انتساب مي‌يافت و چند سالي نيز محضر ملاعلي نوري را درك كرد. حاجي ملاهادي به تصوف نيز گرايش بسيار داشت و شرحي بر مثنوي مولوي نگاشت و خود نيز با تخلص «اسرار» اشعار عرفاني سرود. همچنين مانند ملا علي نوري به احياي فلسفه ملاصدرا پرداخت و جز در يكي دو مورد نكته ‌اي از خود بر توضيحاتي كه درباره آراء او داده است نيفزود.

در قرن 13ق/19م با انتخاب تهران با عنوان پايتخت سلسله قاجاريه به تدريج اين شهر در فلسفه مركزيتي يافت و مكتب تهران به وجود آمد. گرچه هنوز در خراسان و شيراز و خود اصفهان فعاليتهاي فلسفي تا حدي برقرار بود. ملاعبدالله زنوري به تهران دعوت شد و به اتفاق پسرش ملا علي زنوزي (د1307ق/1890م) در دارالخلافه اقامت گزيد. شاگرد ملاعبدالله، جهانگيرخان قشقايي (د1328ق/1910م) در اصفهان باقي ماند و فعاليتهاي فلسفي در آن شهر تا حدي به دست او ادامه يافت تا عصر جديد با حضور شخصيتهايي مانند ميرزا رحيم ادامه داشت؛ ولي اقامت ملاعبدالله در تهران مركز ثقل را به اين شهر منتقل ساخت. ملا علي زنوزي برجسته‌ترين فيلسوف صدرايي آن زمان و صاحب كتاب بدايع الحكم و تعليقات مبسوط بر اسفار، فيلسوفي خلاق و بديع بود و شايد بتوان او را از لحاظ خلاقيت فلسفي سرآمد فلاسفة آن دوران دانست. وي و آقا محمد رضا قمشه‌اي (د1306ق/1889م) – كه از شاگردان سيد رضي لاريجاني و بزرگ‌ترين استاد عرفان نظري در عصر خود بود و بر تمهيد القواعد شرح مهمي داشت- و ميرزا ابوالحسن جلوه(د1314ق/1896م) – شارح آثار ابن سينا كه مشايي مسلك بود. نمايندگان 3 جريان مهم فلسفي حكمت متعاليه و عرفان ابن عربي و حكمت بوعلي در تهران بودند و شاگردان زيادي نيز تربيت كردند كه به واسطه به استادان بزرگ فلسفة دوران اخير مانند ميرزا مهدي آشتياني و ميرزا طاهر تنكابني و محمد كاظم عصار و ابوالحسمن رفيعي قزويني و محمد حسين طباطبائي مي‌رسد.

5. از پايان دوران قاجار تا به امروز فلسفه در ايران تا حد زيادي از يك سو به احياي بنياد سنتي خود و از سوي ديگر به مواجهه با مشكلات ناشي از رويارويي با فلسفه‌هاي غربي پرداخته است. از زمان ترجمه كتاب گفتار در روش دكارت به زبان فارسي برگردانيده شده است و گروهي از ايرانيان نيز جذب مكاتب فلسفي غرب شده‌اند. از طرف ديگر در دوران اخيز به همت استادان بزرگ حكمت اين عصر- مانند محمد كاظم عصار، ابولحسن رفيعي قزويني، ابوالحسن شعراني و سرانجام محمد حسين طباطبايي احياء كننده فلسفه در حوزه علميه قم درريس فلسفه اسلامي ادامه يافته، و بر رونق آن افزوده شده است. در اين ميان، برخي با دست مايه تفكر فلسفي اسلامي به مقابله با فلسفه‌هاي شكاك و مادي و لاادري گرانة غرب شتافتند و كوشيدند باب جديدي در فلسفه اسلامي در مواجهه با تفكر غربي بگشايند. در بين فلاسفه سنتي طباطبايي در كتاب اصول فلسفه و روش رئاليسم و نيز مرتضي مطهري در برخي از آثار خود و مهدي حائري يزدي در هرم هستي و علم حضوري در اين زمينه سهم شاخصي داشته‌اند. از طرف ديگر گروهي از متفكران ايراني كه هم در حوزه‌هاي فلسفي سنتي ايران و هم در غرب فلسفه آموخته بودند، كوشيدند در اين راه قدمهاي مؤثري بردارند.

ايران را هنوز مي‌توان مركز اصلي فلسفة اسلامي به شمار آورد، چنانكه در چند سال اخير در حوزه‌هاي علميه و نيز در بين گروهي از دانشگاهيان علاقه روزافزوني به فلسفه اسلامي و فلسفه تطبيقي و نيز ارزيابي فلسفه‌هاي غربي از ديدگاه فلسفه اسلامي مشهود بوده است. البته گروه كوچك‌تري كه شمار آنان چندان زياد نيست، به برخي فلسفه‌هاي غربي گراييده‌اند؛ اما در مجموع، كوششهايي كه در دهه‌هاي گذشته صورت گرفته است، اكنون به ثمر مي‌رسد و گرايش دوباره به ترويج فلسفه و معارف عقلي اسلامي در ايران و به فزوني است. اين وضع بر ساير كشورهاي اسلامي و هند و نيز مغرب زمين اثر مي‌گذارد و تلاش براي معرفي فلسفه سنتي ايران و به ويژه فلسفه ملاصدرا كه در دهه‌هاي 40 و 50 سده 14 ش در ايران آغاز شد، در كشورهاي ديگر نيز دنبال مي‌شود.